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发包人主张已经与承包人进行结算的，由发包人承担举证证明责任。发包人未与承包人进行结算的，发包人应当举证证明已付工程款数额，人民法院根据实际施工人的施工量占总工程量的比重、已付款项涵盖的范围、转包或者违法分包的情形等具体情况合理分配举证证明责任，并根据查明的欠付工程款数额作出判决。

建设工程合同纠纷案件专业性较强，诉讼标的大，且审理周期长，要注意避免以鉴代审和拒绝裁判情况的发生。在当事人未申请鉴定的情况下，对显而易见的工程质量问题或者通过其他方式能够认定工程价款的，为了避免鉴定周期过长、鉴定费用高昂给当事人造成诉累，人民法院应根据举证责任分配原则对于能够查明的案件事实及时作出裁判，不得拒绝裁判。 同时，也要避免仅对无争议部分作出裁判，而对有争议部分告知当事人另行主张权利，不利于一次性解决纠纷。对于确需通过对外委托鉴定解决的争议事项，人民法院应向负有举证证明责任的一方进行充分释明。一审程序中经人民法院释明当事人明确表示不申请鉴定，二审程序中又申请鉴定的，除对方当事人同意或者有其他合理情形外，二审法院原则上不再对外委托鉴定。未经法庭组织双方当事人质证的材料(包括补充材料),不得作为鉴定材料。 对待鉴事项具有相应的合法资质的鉴定机构和鉴定人员出具的鉴定意见，属于案件的证据，是否可以作为认定案件事实的根据、哪些部分可以作为认定案件事实的根据，人民法院应组织案件当事人对该鉴定意见进行质证，并结合当事人的质证意见进行审查认定。