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如果签订的“黑合同”是在招投标活动之前，因为违反《招投标法》的强制性规定，属于无效合同； 如果签订的“黑合同”是在招投标结束之后，该“黑合同”是有效的，但是合同实质性条款与招标文件和中标通知书不一致的，该条款无效，其他条款继续有效； 实质性条款主要是有关工程质量、工期和工程造价的条款，而工程造价又包括支付方式、支付时间等内容。

招标文件、投标文件及备案合同均没有“垫资”约定，但是“黑合同”有垫资条款，是否有效？ 《招投标法》第四十六条规定，招标人和中标人应当自中标通知书发出之日起三十日内，按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同；招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议，如果“黑合同”的“垫资”条款与备案合同的实质性内容相背离，属于无效条款。